Durante o ano de 2002, o Oceanário de Lisboa iniciou o processo de implementação de um sistema de gestão da qualidade e ambiente. O sistema de gestão traduz-se em estratégias fundamentais para a obtenção de soluções que cumpram e superem as crescentes exigências ambientais e de satisfação das necessidades de clientes, fornecedores e colaboradores. Mais do que um conceito, é uma filosofia de gestão para qualquer organização que queira ser competitiva, credível e socialmente útil.
Em 2003, o Oceanário de Lisboa tornou-se no primeiro aquário público da Europa a obter uma certificação do Sistema de Gestão da Qualidade e Ambiente, de acordo com as normas NP EN ISO 9001 e NP EN ISO 14001, no âmbito da "concepção e manutenção de exposições e atividades recreativas, educativas e comerciais associadas".
Em 2005, o Oceanário vê o seu sistema registado no EMAS (Eco-Management and Audit Scheme), coincidindo com a publicação da 1ª Declaração Ambiental, na qual é comunicado o desempenho ambiental da instituição.
Com a certeza da mais valia que a implementação destes sistemas de gestão trouxe ao Oceanário ao longo dos últimos anos, contribuindo para uma gestão cada vez mais eficiente e eficaz, pretende-se num futuro próximo, estender o sistema à vertente da Responsabilidade Social.
